Ellekærskolen anvender i stor grad holddeling, hvor klassens elever opholder sig i 2 lokaler. Det har betydet, at der er blevet holddelt i forbindelse med tilrettelæggelsen af den fællesfaglige naturfagsprøve. Det har betydet, at klasserne har haft stor gavn af at bruge og indrette depoterne i klasserne som grupperum. Det har betydet, at inspirationen fra specialpædagogikken i høj grad har været anvendt i forbindelse med undervisningen i almen klasserne. Eleverne på Ellekær profiterer i høj grad af den målrettede og strukturerede undervisning i mindre grupperinger, og skolen ønsker derfor også fremadrettet at arbejde videre med mulighederne i holddeling, både i de enkelte klasser og på tværs af årgange. Ellekærskolens elever profiterer endvidere af mulighederne for at indrette fleksible fysiske læringsmiljøer i klassen, og udenfor klassen.